A pesar de la negativa del grupo popular en el Congreso, se ha decidido llevar ante el Tribunal Constitucional al Gobierno en funciones, a raíz de que dos ministros no acudieran a las comparecencias respectivas en donde hubiesen sido sometidos a un control. La iniciativa ha sido aprobada por 218 votos favor, 113 en contra y 4 abstenciones. Ellos no han acudido a dichos actos, ya que entienden que no tienen la obligación de rendir cuentas.
En especial, el Secretario de Estado de Relaciones con las Cortes, José Luis Ayllón, durante su comparecencia en el Congreso ha dicho que va a comunicar a la Cámara que el Gobierno en funciones no se va a someter a un control parlamentario. Este hecho supone un conflicto, ya que desencadena un acto de rebeldía dado que sobrepasa los fundamentos del sistema constitucional. Esto se debe a que el establecimiento de control supone una característica del régimen parlamentario.
Ante esta situación, representantes de cada uno de los grupos parlamentarios han mostrado una postura positiva de llevar al Gobierno en funciones al Tribunal Constitucional. Por un lado, el portavoz del Grupo Socialista en el Congreso, Antonio Hernando, ha incidido en que la actitud por parte de dichos ministros es contraria al funcionamiento democrático del Estado. En cuanto al representante de Podemos, Iñigo Errejón, ha explicado que "las normas son para las que no tienen el poder o el dinero para saltárselas". Por su parte, Alberto Garzón, diputado de Izquierda Unida-Unidad Popular ha acusado al Partido Popular de distorsionar el sentido parlamentario de la legislatura.
Del mismo modo, diputados de DiL, ERC, PNV, Compromís, Coalición Canaria y Ciudadanos han defendido la aplicación de dicha iniciativa. No obstante, UPN además de apoyar esta medida, ha criticado al PSOE, ya que en el Parlamento de Andalucía se negó a aplicar esta decisión. Hay que añadir que si finalmente se lleva al Gobierno en funciones al Tribunal Constitucional el presidente actual, Mariano Rajoy, tendrá que rendir cuentas sobre las decisiones relacionadas con los refugiados y sobre la desviación del déficit público.