La defensa de Otegi presentó al tribunal europeo un recurso que alegaba que los veredictos emitidos por la Audiencia Nacional no habían cumplido con el principio de imparcialidad y habían vulnerado sus derechos de presunción de inocencia. El TEDH ha decidido aplazar la decisión y pretende que el Gobierno de España presente sus alegaciones.

Asimismo, el Tribunal de Estrasburgo ha decidido rechazar el resto de alegaciones contra la imparcialidad del Tribunal Constitucional y el Tribunal Supremo. El líder abertzale recurrió en 2014 la parcialidad de dos miembros del Tribunal Constitucional, que habían rechazado el recurso de amparo contra el dictamen de la Audiencia Nacional, y que fue ratificado por el Tribunal Supremo. El TEDH considera que no hay motivos para admitir a trámite estas alegaciones.

La defensa de Otegi argumentaba la vulneración del principio acusatorio; la supuesta parcialidad del tribunal de la Audiencia Nacional; la vulneración de la presunción de inocencia y la privación del derecho a la defensa. En 2011, el Tribunal de Estrasburgo condenó a España por no cumplir el derecho a la libertad de expresión del acusado.

El caso Bateragune, por el cual Otegi fue condenado a prisión en 2009, alude al intento del acusado y de otros tres miembros de ETA de reconstruir la formación terrorista. La defensa de los acusados, por el contrario, argumentaba que éstos formaban un grupo independiente que pretendía establecer una estrategia para afrontar la negociación política por medios pacíficos que llevara al fin de la violencia etarra.

Mientras el TEDH decide si admite a trámite su recurso, Otegi continuará en prisión hasta 2016, cuando cumple su condena. En caso de aceptar el recurso, el ex portavoz de batasuna podría salir de prisión unos meses antes.