Jabier Salutregi fue condenado en 2007 a 12 años de prisión junto con otros 25 individuos, todos acusados por delitos de terrorismo y estar relacionados con ETA. Salutregi siempre negó su relación con la banda armada. A la salida de la cárcel le esperaba Teresa Toda, la ex subdirectora del Egin, que también fue encerrada en 2007 y salió de la cárcel en 2013.

Aralar, el partido político independentista, ha señalado en un comunicado que Salutregi ha permanecido siete años y medio en prisión “de manera totalmente injusta”, así como el resto de compañeros de la publicación. “En nuestro sumario jamás ha habido armas ni nada de eso. Aquello fue una operación política clarísima, que atacaba a un movimiento político en todas sus expresiones”, ha señalado Teresa Toda al diario Público.

El Egin, el diario afín a la izquierda independentista vasca del que era director Salutregi, fue cerrado en 1998 por la Audiencia Nacional acusado de estar supeditado a ETA, así como otras revistas y periódicos de País Vasco.

En 2003 se decretó el cierre de otro diario, el Egunkaria, que se editaba íntegramente en euskera y fueron detenidos varios integrantes de su dirección, quienes nada más salir de prisión denunciaron haber sido víctimas de torturas. El Tribunal Europeo de Derechos Humanos condenó a España por no investigar de manera seria estas denuncias. Sin embargo, en una sentencia de la Audiencia Nacional de 2001 y otra de 2010, pusieron en duda que las publicaciones tuvieran nada que ver con la banda armada.