En la primera sesión tras las elecciones autonómicas en Andalucía, los diputados han tomado posesión de sus puestos y han comenzado a votar los primeros cargos dentro del parlamento. El puesto de mayor importancia que ha sido elegido es el de presidente del Parlamento, el socialista Juan Pablo Durán. En la primera de las votaciones ni Duran ni el candidato del PP, Manuel Andrés González, han conseguido mayoría absoluta pero en la segunda ronda, con la votación de los 47 diputados del PSOE y con el voto en blanco de Ciudadanos y Podemos ha sido suficiente para la determinación del cargo.
Teresa Jiménez (PSOE), Esperanza Oña (PP) y Juan Ignacio Moreno (Podemos) han sido elegidos vicepresidentes del Parlamento. Por su parte, como secretarios han sido nombrados Verónica Pérez (PSOE), Julio Díaz (Ciudadanos) y José Antonio Castro (IU). El motivo por el cual tanto Ciudadanos como IU han obtenido sus representantes es que, según el reglamento de la Cámara, todos los partidos tienen que tener presencia.
Este hecho es el que ha provocado la primera gran discusión en el Parlamento Andaluz. Uno de los diputados del PP ha amenazado con presentar una apelación al Tribunal Constitucional por la elección de estos cargos porque según él, el PSOE está "robando los votos logrados en las urnas al Partido Popular”. El secretario del PSOE le ha contestado que en los estatutos parlamentarios existe la obligación de que todos los partidos con representación en la Cámara tengan un asiento en la Mesa de edad, que no es proporcional al número de votos. Estas explicaciones no han sido suficientes para sofocar la indignación de los populares y la discusión se ha ido acalorando cada vez más. El resto de partidos no han intervenido en el conflicto.
La elección de estos cargos suele ser un tema que no causa polémica ni desencuentros, pero en la situación que vive el Parlamento Andaluz, en el que ninguno de los partidos tiene mayoría absoluta, la toma de decisiones se complica. A lo largo de la semana anterior, los partidos tuvieron diversas reuniones pero en ninguna de ellas se llegó a un acuerdo lo suficientemente importante como para que no surgiesen estos problemas.
El 29 de abril se celebrará el debate de investidura. En la primera votación, para que el candidato sea envestido debe tener mayoría absoluta, si no fuera así, se celebraría otra votación y valdría con una mayoría simple. Si aun así no se consiguiera que nadie saliese envestido Presidente, se disolvería el parlamento y se convocarían elecciones.